Em 26 de março de 1931 surgiu a SwissAir (Schweizerische Luftverkehr Aktiengesellschaft), resultado da fusão entre a Ad Astra Aero e Balair. A companhia nasceu com uma frota de treze aeronaves, quatro destinos nacionais e quatorze na Europa. Os primeiros voos regulares aconteceram em abril de 1932 com o Lockheed Orion, de Zurique para Munique e Vienna. Aliás o Lockheed Orion era o avião mais rápido da época (voava a 100 km/h). A SwissAir foi a primeira companhia européia a operar uma aeronave americana e a velocidade do Orion fez com que a Lufthansa pedisse para a Heinkel construir um avião tão rápido quanto.
Em 1934 foi a primeira companhia na Europa a ter aeromoças.
Em 1935 a empresa recebeu o seu primeiro DC-2. Com ele a companhia podia voar nas péssimas condições causadas pelo inverno europeu. Nessa época poucas companhias voavam para a região da Suíça no inverno.
Em 1939 a SwissAir suspendeu os serviços devido a Segunda Guerra Mundial. Depois da guerra, em 30 de julho de 1945, a empresa voltou a voar.
Em 1946 a SwissAir passou a ser a principal companhia da Suíça e recebeu o primeiro DC-4, com ele iniciou o primeiro voo transatlântico de Genebra para Nova York, em maio de 1947. O voo se tornou regular em 1949.
Em 10 de março de 1947 a SwissAir chegou pela primeira vez no Brasil, com o DC-4 na rota Genebra - Casablanca - Dakar - Natal - Rio de Janeiro - Montevidéu - Buenos Aires. Porém somente em 9 de dezembro de 1950 o primeiro voo regular para o Brasil foi iniciado, com o DC-6 na rota Zurique - Genebra - Lisboa - Dakar - Recife - Rio de Janeiro - São Paulo. O voo durava 31 horas, mas a companhia impressionava pela pontualidade e qualidade do serviço. Em 1957 o DC-6 foi substituído pelo DC-7 e a rota ficou mais rápida e curta, o voo passou a fazer somente uma escala em Dakar antes de chegar no Rio de Janeiro.
A companhia foi uma das primeira a encomendar aeronaves a jato e entrou na era do jato em 1960 com os primeiros DC-8-32. Logo depois do DC-8 veio o Caravelle III e depois o Convair 990 "Coronado". Esta última ficou famosa na companhia, pois era a aeronave mais rápida da época e na configuração da SwissAir a aeronave não tinha o assento do meio, o que gerava mais conforto para o passageiro. O CV-990 chegou a vir para o Brasil (Rio de Janeiro e São Paulo) em 1962, mas foi substituído pelo DC-8-62, em 1968, pois o Coronado tinha um alcance limitado. Com o DC-8 a SwissAir passou a operar em Campinas ao invés de São Paulo, pois o aeroporto de Congonhas era pequeno demais para os grandes jatos.
Em 1966 chegaram os DC-9-30. A Douglas ofereceu uma versão especial para a SwissAir, um pouco maior, conhecida como DC-9-32.
Em 1971 chegou o Boeing 747-200, o primeiro "wide-body" (fuselagem larga) da companhia. E em dezembro de 1972, o DC-10-30. O DC10 era a nova geração de jatos e os da SwissAir tinham uma configuração bem mais confortável (mais espaço entre as poltronas).
Na década de 80 a companhia recebeu os primeiros DC-10-30ER (longo alcance) e passou a voar para o Brasil exclusivamente com o DC10, em outubro de 1983. Nessa época a SwissAir também vinha para o Brasil com o Boeing 747-300, na alta estação.
Em 1975 a SwissAir foi a segunda companhia aérea a voar para China e foi a lançadora do DC-9-51.
Em 1977 a companhia lançou o DC-9-81, que virou o MD-81.
Em 1979 a SwissAir foi a primeira companhia a encomendar o Airbus A310-200, Boeing 747-300, Fokker 100 e o MD-11.
Na década de 80 a companhia ficou conhecida como "Flying Bank" (Banco Voador), devido a sua grande liquidez. Nessa época a companhia começou a diversificar seus investimentos em serviços aeroportuários e lojas Duty-Free.
Em 19 de agosto de 1991, após mais de quinze anos com o DC10, a SwissAir veio com o MD-11 para o Brasil pela primeira vez. A rota era Zurique - Genebra - Rio de Janeiro - Campinas. Foi a primeira empresa a operar o MD-11 no Brasil.
Em 1992 a escala em Genebra foi cancelada e a SwissAir deixou de voar para Campinas para operar no aeroporto de Guarulhos. A SwissAir foi uma das últimas companhias a trocar Campinas por São Paulo. Em 1993 foram inaugurados os voos diretos entre Zurique e São Paulo. Em julho de 1994 a companhia deixou de voar para o Rio de Janeiro. Em 1996 a companhia voltou ao Rio, porém o voo fazia escala em São Paulo.
Em 1997 a companhia inovou na comemoração de 50 anos da primeira travessia do Atlântico. A SwissAir alugou um DC-4, o pintou como na época e fez voos pela Europa e dois voos transatlânticos, idênticos aos da época e com os comissários vestidos com os uniformes da época.
Em 2000 a companhia deixou de operar com o MD-81, A310 e o Boeing 747.
Na década de 90 a companhia começou uma grande expansão com a sua holding SwissAir Group. A companhia estava com medo de ser engolida pela gigantes européias, pois não tinha espaço para crescer devido ao tráfego limitado de um pequeno país. Então a companhia começou a comprar participações em várias outras companhias, principalmente da Europa, entre elas a TAP e a Austrian Airlines. Porém esses investimentos foram a principal razão da sua falência. O grupo perdeu mais de 1 bilhão de dólares em 2000. Com o "rombo" o jeito foi vender os ativos da empresa, como a cadeia de hotéis Swissôtel. O dinheiro da venda do Swissôtel e outros ativos deu fôlego para a companhia, porém com os atentados de 11 de setembro de 2001, a companhia estava perdida.
Mesmo com a crise, a companhia não deixou de ser uma das melhores (para muitos a melhor) companhia aérea do mundo com pontualidade impecável, serviço de altíssima qualidade e conforto.
A empresa tentou uma fusão com a Crossair, a sua subsidiária que ainda tinha lucro, mas não aconteceu. Em outubro de 2001 o presidente da companhia anunciou a falência, mas os bancos suíços UBS e Credit Suisse, que eram os maiores credores, resolveram investir na companhia. Porém, no dia seguinte, um Airbus A321 foi retido em Londres por falta de pagamento de combustível. Com isso a empresa declarou a sua falência e cancelou todos os voos. O último voo da companhia foi o vindo de São Paulo com o MD-11.
A população suíça ficou chocada e o governo decidiu emprestar 300 milhões de francos suíços para a companhia voltar a operar parte das rotas.
Em 31 de março de 2002 a Crossair assumiu o que restou da SwissAir e então surgiu uma nova companhia aérea denominada Swiss Internacional Air Lines.